【2026年最新】事業を相続したら消費税はどうなる？準確定申告とインボイス制度の注意点を税理士が解説

被相続人が消費税の課税事業者（またはインボイス登録事業者）であった場合は、相続人は速やかに税務署へ「個人事業者の死亡届出書」を提出する必要があります。

そして、所得税の準確定申告と同様に、相続の開始があったことを知った日の翌日から4ヶ月以内に、消費税の準確定申告（1月1日から死亡日までの消費税の計算）を行って納税までを完了させなければなりません。

このとき、消費税の申告書には「付表6 死亡した事業者の消費税及び地方消費税の確定申告明細書」を添付し、相続人全員の連名で申告します。所得税よりも計算が複雑になるケースが多いため、タイトな4ヶ月の期限に遅れないよう迅速な対応が必要です。

もともと消費税の免税事業者であった相続人が、亡くなった方の事業をすべて、または一部引き継いだ（承継した）場合、相続人自身の消費税の納税義務（課税事業者になるか否か）は以下のように判定します。

① 相続があった年（死亡した年）の判定

• その年の「基準期間（2年前）」における被相続人の課税売上高が1,000万円を超えている場合：相続人は、相続が始まった日の翌日からその年の12月31日までの間、自動的に「課税事業者」となります。


• 被相続人の2年前の課税売上高が1,000万円以下の場合：その年の納税義務は原則として免除（免税事業者）されます。

② 相続があった年の「翌年」または「翌々年」の判定

• その年の「基準期間（2年前）」における「被相続人の課税売上高」と「相続人自身の課税売上高」の合計額が1,000万円を超えている場合：相続人はその年、消費税の「課税事業者」となります。


• 2年前の2人の売上合計額が1,000万円以下である場合は、原則としてその年の納税義務は免除されます。

2026年現在の実務において、前述の1,000万円判定よりもはるかに注意しなければならないのが「インボイス（適格請求書発行事業者）の登録状況」です。

亡くなった親御様がインボイス登録事業者として消費税を納めていた場合、そのインボイス登録の効力は、事業を引き継ぐ子供（相続人）へ自動的には引き継がれません。インボイスの登録は、あくまで個人に専属する権利だからです。そのため、以下の手続きを正しく行わなければ取引先に大迷惑をかけてしまうリスクがあります。

• 相続人自身が新たに登録申請する必要がある： 相続したお店や賃貸物件で、その後もインボイスを発行し続けるためには、事業を引き継いだ相続人名義で新たに「適格請求書発行事業者の登録申請書」を税務署へ提出し、新しい登録番号を取得しなければなりません。


• 被相続人の死亡届出書の提出： 亡くなった方のインボイス登録を適切に抹消するため、税務署へ「適格請求書発行事業者の死亡届出書」を提出する実務も発生します。

被相続人が生前に提出していた「消費税簡易課税制度選択届出書」や「消費税課税事業者選択届出書」といった、消費税を安くしたりコントロールしたりするための各種届出書の効力も、事業を引き継いだ相続人には一切及びません。すべて一度リセットされます。

したがって、引き継いだ相続人が引き続き「簡易課税」の適用を受けたい場合や、あえて課税事業者になりたい場合は、相続のあった日の属する課税期間の末日（原則としてその年の12月31日）までに、相続人名義で新たにこれらの届出書を提出し直す必要があります。これらを忘れると、自動的に原則課税（定額法等と同様、引き継がれない自動ルール）となり、消費税額が跳ね上がってしまう大損リスクがあります。

※なお、親御様が12月など年末近くに急逝され、年内の届出書の提出が物理的に間に合わなかったような場合には、やむを得ない事情として、課税期間の末日から2ヶ月以内に「特例承認申請書」を提出して税務署長の承認を受けることで、救済措置（その年から提出があったものとみなす）を受けることが可能です。

個人事業や不動産賃貸業を相続する場合、消費税は所得税以上に「届出書の提出期限」の判定がシビアであり、インボイス制度の開始によって実務の複雑さは以前の数倍に膨れ上がっています。誰が事業を引き継ぐのか、簡易課税を選ぶべきか、インボイスを引き続き発行するのかを4ヶ月〜年内の非常に短い期間で決断しなければなりません。

また、準確定申告で支払った消費税額は、将来提出する「相続税申告」において、遺産総額から差し引ける債務（マイナスの財産）に該当するため、ここを正確に連動させることで全体の税金を抑えることができます。自己判断せず、すぐに専門家へ相談されることを強くお勧めします。

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